Luonnonmukaisessa kasvinsuojelussa ennaltaehkäisy on tärkein keino. Monipuolinen viljelykierto on sen edellytys. Viljelykierto laaditaan niin, että esimerkiksi rikkakasveja olisi mahdollisimman vähän kilpailukyvyltään heikoimman kasvin tullessa viljelyyn. Viljelykiertoon on myös hyvä varata kohta, jossa lohkoa voidaan tarvittaessa kesannoida monivuotisten rikkakasvien torjumiseksi.

Luomutilalle on hyvä tehdä kasvinsuojelusuunnitelma, jossa viljelykiertoa tarkastellaan nimenomaan kasvinsuojelun näkökulmasta. Kiertosuunnitelmaa hiottaessa otetaan huomioon se, että eri kasveilla voi olla yhteisiä kasvitauteja ja tuholaisia, jonka takia tarvitaan välivuosia.

Rikkaruohojen torjunnassa mekaaninen torjunta (haraus, multaus ja kitkentä) ja puutarhakasveilla myös liekitys ovat luomutiloilla yleisesti käytössä.

Elävä maa on myös kasvinsuojelun kannalta tärkeä, koska maan vilkas pieneliötoiminta auttaa maalevintäisten tautien hallinnassa. Ilmavat kasvustot vähentävät sienitautien riskiä. Myös lajikevalinta on osa ennaltaehkäisyä.

Tuholaisten luontaisen vihollisten viihtyvyyttä lisäävät pellonpientareet ja metsäsaarekkeet. Myös lintujen olosuhteisiin kannattaa kiinnittää huomiota.

Luomuviljelyssä sallitut kasvinsuojeluaineet on lueteltu Eviran Luonnonmukaisen tuotannon ehtojen (kasvintuotanto) liitteessä.