Puna-apilan tuhoutumisen syy voi olla apilamädän ja talven epäsuotuisten sääolojen aiheuttamien vaurioiden ohella juurien lahoamista aiheuttava sienitauti, juurilaho. Tällä hetkellä aletaan tätä Fusarium-sienten aiheuttamaa tautia pitää jopa suurempana uhkana luomutuotannolle kuin apilamätää, koska juurilahoa esiintyy joka vuosi kaikkialla. Se ei varsinaisesti tuhoa kasvustoa, mutta voi aiheuttaa merkittäviäkin sadonalennuksia.

Fusarium-sienellä on monia isäntäkasveja, joten sen torjuminen viljelykierrolla on vaikeaa. Juurilahon vioitukset lisääntyvät nurmen vanhetessa ja sen aiheuttama apilapitoisuuden aleneminen vanhoissa nurmissa voi olla huomattava. Eri puolilta Suomea kerättyjen apilanäytteiden perusteella sairaita juuria oli vähemmän Pohjois-Suomesta kuin muualta kerätyissä näytteissä.

Taimiasteella tauti tappaa idun jo ennen sen maanpinnalle tuloa tai jo maanpintaan ehtinyt taimi tuhoutuu. Sienet tunkeutuvat nuoriin taimiin mm. ilmaraoista ja myös juurien nuorimpien solukkojen kautta. Vanhemmissa kasveissa pääjuuren haavat ja juurihaarojen katkeamat ovat sienien infektioteitä. Hyviä infektioteitä Fusarium-sienille ovat katkaistujen varsien tyngät, joten saastunnalle on heti apilan niiton jälkeen hyvin suuret mahdollisuudet.

Juuriston lahoaminen voi olla joko yleistä tai vain johonkin osaan paikallistunutta. Lievissä tapauksissa tauti voi rajoittua vain juurien kuoriin muodostuviin laikkuihin tai syöpymiin, mutta yhtä yleistä on juurien johtosolukon vioittuminen juuren keskellä ja lopulta sen tuhoutuminen kokonaan. Vaikka juurien lahoamista tapahtuu kaikkina vuodenaikoina, ovat tuhot selvimmät keväällä. Silloin apilat ovat talven heikentäminä erityisen alttiita taudinaiheuttajille.

Varsinaisia juurilahon torjuntakeinoja ei tunneta, mutta kaikki toimenpiteet, jotka vahvistavat kasveja, vähentävät juurilahoa. Säilörehunurmessa tuhkan käytön on havaittu vähentävän hiukan juurilahon määrää. Kasvinvuorottelulla ei tautia voida ehkäistä, koska monet juurilahoa aiheuttavat mikrobit ovat moni-isäntäisiä ja monet voivat lisäksi elää maassa useita vuosia.

Niitto pitkään sänkeen vähentää juurilahoaltistusta. Niitto lyhyeen sänkeen heikentää kasveja ja toisaalta sienet voivat helpommin tunkeutua sängen kautta kasviin sateen roiskiessa multaa leikkuupintoihin. Sadonkorjuukoneet, jotka iskemällä katkaisevat kasvit ja jättävät jälkeensä rikkinäisen sängen, edesauttavat juurilahon leviämistä.

Sekanurmien viljely kannattaa tautivaaran vuoksi (heinä valtaa tautien tuhoamien apiloiden kasvutilan). Puna-apilan paikalliskantojen pitkäaikainen viljely voi auttaa kasvitautien torjunnassa, koska oman siemenen käyttö vuosikymmeniä karsii vahvimmat ja tauteja kestävämmät yksilöt viljelyyn.

Laidunnus, myöhäinen viimeinen niitto ja raskaat koneet lisäävät talvituhoriskiä. Puna-apilan juurenniskassa sijaitseva kasvupiste on arka vaurioille. Talven aikana apilalle aiheuttaa juuristovioituksia ennen kaikkea rouste, joka katkoo juuria ja murtaa niihin haavoja.

Väärän niittorytmin seurauksena apilan juurten vararavintovarastot hupenevat ja apila altistuu tauti- ja talvituhoille. Tällöin myös sen kilpailukyky seoskasvustoissa heikkenee. Toinen niitto on syytä tehdä viimeistään elokuun lopulla. Syyskuussa apilaa ei saa korjata, mutta jos odelma on hyvin rehevä, voi sen niittää kuivalta pellolta lokakuussa. Sama ohje pätee myös laidunnukseen.

Alsike- ja valkoapila sekä sinimailanen kestävät puna-apilaa paremmin juurilahoa. Valkoapila pystyy toipumaan talvituhojen aiheuttamista kasvuston harvenemisista, jos kasvusilmun sisältävä rönsynpala on elossa keväällä ja rönsy juurtuu muodostaen uuden kasvukeskuksen. Keltamaite voi kärsiä juurilahosta kosteissa oloissa. Rehuvuohenherneessä ei ole havaittu merkittäviä tautien tai tuholaisten aiheuttamia vioituksia, mikä on erittäin huomionarvoinen seikka suunniteltaessa viljelykiertoja ilman apilaa.

Apilamätä (apilan pahkahome, Sclerotinia trifoliorum) on puna-apilan vaarallisin tauti. Pahimmat tuhonsa se tekee kylvövuoden jälkeisenä talvena, jolloin varsinkin heikot kasvustot saattavat kuolla suurilta aloilta, tosin tavallisesti laikuittain.

Apilan pahkahome loisii paitsi kaikissa apilalajeissa, myös muissa nurmikasveissa ja suuressa joukossa rikkaruohoja. Puna- ja alsikeapila tuhoutuvat, kun sieni tuhoaa ruusukkeessa olevan päätesilmun. Valkoapila jää eloon, jos pätkä rönsyä jää turmeltumatta. Sinimailaseenkin pahkahome tarttuu, mutta osa sen versoista lähtee niin syvältä maan sisästä, että sinne sieni ei helposti tunkeudu ja mailanen jää eloon. Tosin sen kevätkasvu hidastuu. Virnat ja herneet eivät tiettävästi ole arkoja.

Apilamädän torjumiseksi kylvövuoden nurmi ei saa olla liian rehevä ja apilavaltainen talven tullessa. Toisaalta apilan ja heinän oraan on oltava vahva, jotta se kestää vioitukset ja talvehtii. Suojakasvi on korjattava siksi kohtuuaikaan elokuussa - ei liian aikaisin eikä kovin myöhään. Rehevä kasvusto kannattaa niittää vielä lokakuussa. Puhtaisiin apilikkoihin apilamätä tarttuu herkimmin ja siksikin apila viljellään aina seoskasvustoina.

Multamailla apilamätä viihtyy huonommin kuin kivennäismailla. Pahimmillaan apilamätä on kuohkeilla kivennäismailla. Pahkahometta esiintyy eniten varjoisissa paikoissa, kosteissa ja kylmissä maissa sekä syvennyksissä. Apilamädän tuhoja lisää pitkä, lämmin ja kostea syksy, joten suurimmat tuhot tapahtuvat Etelä-Suomessa. Perustamisvuoden syksyllä apilakasvustot ovat usein puutteellisesti karaistuneita, minkä vuoksi ne ovat alttiimpia tuhoille kuin vanhempien vuosien nurmet. Tuhot muodostuvat erityisen ankariksi silloin, kun lumi tulee routaantumattomaan maahan.

Pahkahomeen pahkat voivat säilyä maassa 7 vuotta, joten kasvinvuorotuksella ei apilamätää pystytä helposti torjumaan. Vuohenherneen käyttö viljelykierrossa säännöllisin väliajoin muiden monivuotisten palkokasvien sijaan sekä yksivuotisten nurmien käyttö vähentävät tautipainetta ja estävät taudin leviämistä. Todennäköisempi ja ehkä helpommin toteutettava vaihtoehto on käyttää muita em. viljelyteknisiä keinoja, jolloin apilamätä ei pääse kehittymään niin paljoa, että se aiheuttaisi epidemian tai suurempia satotappioita.

Puna-apilalajikkeiden kestävyydessä apilamätää vastaan on eroja. Parhaiten kestää Bjursele, sitten järjestyksessä Björn, Jesper, Betty ja Tepa huonoiten. Muita lajikkeita ei kokeessa ollut mukana. Paikalliskannat ovat myös valikoituneet kestämään apilamätää paremmin. Alsikeapila on puna-apilan ohella arimpia apilamädälle, mutta valkoapila ja sinimailanenkin voivat kärsiä siitä.

Kasvitaudit ja kuivuus alentavat helposti härkäpavun satoa. Harmaahome aiheuttaa härkäpavun lehtiin ruskeita laikkuja. Laikkujen värin takia tautia kutsutaan suklaalaikuksi. Sienet leviävät suotuisissa oloissa erittäin nopeasti ja jo parissa viikossa voi kasvuston keski- ja alaosa muuttua täysin ruskeaksi ja aiheuttaa ennenaikaisen tuleentumisen. Kukinnan jälkeen kuihtuvat terälehdet ovat myös alttiita harmaahomeinfektiolle. Tältä kannalta härkäpapu kannattaa korjata säilörehuksi niin aikaisin, että kukat vasta alkavat kuihtua. Luomuviljelyyn soveltuvia torjuntakeinoja ei näille taudeille ole. Suomalaisista lajikkeista 'Kontu' ja 'Ukko' ovat vähemmän alttiita harmaahomeelle kuin 'Mikko'. Seosviljely viljan kanssa vähentää tautialttiutta selvästi.

Vuosina 1974 ja 1975 tutkittiin herneen tautien esiintymistä kasvustoissa. Näytteissä oli runsaasti tyvi- ja juurilahoa aiheuttavia sieniä. Maanäytteistä löydettiin runsaasti Fusarium-sieniä sekä taimipoltetta aiheuttavia sieniä. Fusarium solani -sienen on todettu saastuttavan hernettä ankarimmin kosteahkossa maassa. Myös traktorin renkaiden aiheuttama maan tiivistyminen lisää tämän sienen infektioiden määrää. Hernettä ei tulisi sijoittaa samalle pellolle useammin kuin 4-5 vuoden välein.

Apila-ankeroinen on eräs varsiankeroisen monista lajeista. Tyypillisissä apila-ankeroisen vioittamissa puna-apilayksilöissä on varsiosa hyvin lyhyt ja paksuuntunut, sivuversoja on runsaasti, mutta nekin ovat kaikki lyhyitä ja paksuuntuneita. Ankeroissaastunnan ollessa voimakas puna-apilakasvustoon ilmestyy useiden neliömetrien suuruisia aukkopaikkoja, joiden keskiosassa apila on kokonaan kuollutta, ja reunaosissa kasvaa kituvia yksilöitä.

Varsiankeroisen saastuttamat puna-apilayksilöt tuhoutuvat helposti talvella, koska ne ovat elinvoimaltaan heikompia kestämään talven rasituksia kuin terveet kasvit. Tavallisesti ankarimmat tuhot kohtaavat vanhoja nurmia. Muilla nurmipalkokasveilla kuin puna-apilalla ei ankeroista ole maassamme todettu. Se vioittaa kuitenkin myös alsike- ja valkoapilaa ja sinimailasta. Alsikeapila on kestävämpi ankeroista vastaan kuin puna-apila.

Parhaat ajankohdat ankeroisen esiintymisen tarkkailuun ovat varhain alkukesällä puna-apilan ollessa vielä nuorta ja matalaa sekä loppukesällä odelma-asteella. Torjuntatavoista ensisijalle on asetettava leviämisen estäminen eli ei oteta siementä saastuneelta pellolta. Jos apilapelto todetaan ankeroisen saastuttamaksi, ei nurmipalkokasveja saa viljellä 8-10 vuoteen, sillä vasta näin pitkässä ajassa kuolevat kaikki peltoon joutuneet ankeroiset. Kestävien apilakantojen jalostamisella näyttää olevan torjunnassa mahdollisuuksia. Yleispiirteenä torjunnassa voidaan mainita, että tuhoeläinten esiintymisrunsaus ja tuhot ovat sitä pienempiä mitä nuorempia nurmet ovat.

Varsiankeroisen saastuttamasta puna-apilan siemenestä voidaan ankeroisia vähentää puhdistamalla siemen mekaanisesti, mutta tällä tavoin ei kuitenkaan saada poistetuksi kaikkia varsiankeroisyksilöitä. 1960-luvun alussa tehdyn tutkimuksen perusteella jalostetut kotimaiset lajikkeet kestävät varsiankeroista heikosti, kun taas eräät paikallislajikkeet ovat melko kestäviä.

Nurmien rikkakasvitorjunnan painopiste on perustamis- ja lopettamisvaiheessa. Kasvavilta nurmilta rikkakasvien torjuminen on vaikeampaa. Ensimmäiseksi on varmistettava, että käytettävä siemen ei sisällä rikkakasvien siemeniä. Nurmiin olisi myös valittava käyttötarkoitukseen kasvurytmiltään sopivin kasvi, ettei synny aukkoisia kasvustoja, joihin rikkaruohot pääsevät leviämään.

Nurmen perustamisvaiheen ongelmarikkakasveja ovat lähinnä yksivuotiset rikkakasvit ja heinämäiset rikkakasvit kylänurmikka, polvipuntarpää ja luoho. Pihatähtimö ja kylänurmikka näyttävät olevan erityisenä vaikeutena tiloilla, joilla nurmen perustamiseen käytetään karjanlantaa.

Ilman suojaviljaa perustettavilla nurmilla saattaa olla tarpeen 1-2 pitkään sänkeen tehtyä niittoa viimeistään ennen rikkakasvien kukkimista. Viljan käyttö siemenseoksissa on perusteltua sekä yksi- että monivuotisia nurmia kylvettäessä, koska viljat taimettuvat nopeasti ja kilpailevat tällöin tehokkaasti siemenrikkakasveja vastaan.

Vanhempien ja harventuneiden nurmien pahimpia rikkakasveja ovat valoa suosivat, mutta niittoa paremmin kestävät lauha, leinikit, hierakka, voikukka ja saunakukka. Leinikki huonontaa säilörehun maittavuutta ja saattaa alentaa lypsylehmien tuotosta. Saunakukka puolestaan voi vaikuttaa maidon makuun. Helpoin tapa torjua rikkakasveja nurmilta on uusia ne riittävän usein ja pitää huoli riittävästä ojituksesta ja kalkituksesta. Hyväkuntoinen ja tiheä puna-apilanurmi on myös tehokas kilpailija rikkakasveja vastaan. Toisaalta rikkakasvitkin ovat pitkäikäisiä, esimerkiksi valvatin juuret saattavat kestää hengissä maassa 2-4 vuotta.

Tehokas tapa torjua kestorikkakasveja viljelykierrossa on puolikesanto nurmen ensimmäisen sadon korjuun jälkeen. Nurmi kannattaa silloin rikkoa kultivaattorilla, lautas- tai lapiorullaäkeellä, jotta rikkakasvien juurakoita ei käännetä kyntöviilun alle, jonka jälkeen niihin ei enää tehoa pinnan muokkaus. Puolikesanto päätetään huolelliseen kyntöön kuorimien kanssa, tai siihen kylvetään viimeistään elo-syyskuun vaihteessa pyydyskasviksi joko ruis tai ohra. Ne muokataan keväällä.

Peltoviljelyssä pahimpina kestorikkakasveina pidetään peltovalvattia ja -ohdaketta sekä juolavehnää. Näistä valvatti ja ohdake heikentyvät nurmissa, jotka niitetään tai laidunnetaan monta kertaa kesässä. Juolavehnä ei tästä niinkään kärsi. Usein toistuva niitto lyhyeen sänkeen olisi tehokkain tapa torjua näitä rikkakasveja nurmista, mutta se edellyttää, että nurmen kilpailukyky säilyy hyvänä. Jos nurmi ei kasva hyvin, ei niitto tehoa torjuntakeinona.

Ohdakkeen torjumiseksi ensimmäinen niitto pitäisi tehdä kesäkuun alkupuolella tai puolivälissä ja aina viimeistään silloin, kun pisimmät ohdakkeen versot tulevat nupulle. Liian aikainen niitto on tehokkaampi kuin vähänkin liian myöhäinen, koska tällöin ohdake on jo alkanut kerätä vararavintoa juurakkoonsa ja jaksaa taas kasvaa vararavinnon turvin. Suositeltavaa olisi, että ohdakkeen voisi niittää kolme kertaa kesässä. Kolme niittoa tai jopa enemmänkin on hyvä tavoite ongelmapesäkkeissä, mutta nurmessa kilpailukyvyn säilymisen takia paras tulos voidaan saavuttaa jo kahdella niitolla. Myös valvatti heikkenee, kun nurmi niitetään 2-3 kertaa kesässä. Yhden vuoden niitoilla eivät kestorikkakasvit vielä häviä.

Yksivuotiset nurmet ovat melko helppoja rikkakasvien hallinnan suhteen, koska seokset varjostavat tehokkaasti ja yleensä ensimmäinen sato korjataan ennen rikkakasvien siementen kypsymistä. Kaikissa seoksissa on hyvä olla sekä nopeasti orastuvaa viljaa että syksyllä kasvavaa raiheinää, jolloin viljelykasvit peittävät pellon pinnan mahdollisimman pitkän ajan kasvukaudesta. Nurmi-, ja erityisesti laidunkiertoon yksivuotiset nurmet tuovat toivottuja muokkausvuosia, jolloin monivuotiset juuririkkakasvit on mahdollista saada hallintaan. Ks. myös Kasvinsuojelusuunnitelma.